嘉兴科技城创建于2003年，一期规划面积3.65平方公里。2003年底，在时任省委书记习近平的支持和见证下，争取到清华长三角研究院的落户，迈出了建设嘉兴科技城的第一步。2004年，浙江中科院应用技术研究院落户。经过十多年的开发建设，清华长三角研究院与浙江中科院应用技术研究院两大核心平台的作用不断发挥，省校合作模式和科技城的发展模式在2014年5月和2015年4月相继获得了习近平总书记和刘延东副总理的批示肯定。
2015年底，省政府发文批复同意嘉兴科技城扩容升级，科技城区域面积由3.65平方公里扩容至29.5平方公里，包括原嘉兴科技城、嘉兴工业园区(大桥镇) 西区南区、余新曹庄集镇、湘家荡平湖塘以北部分区域，规划范围：西起三环东路；南至沪杭铁路客运专线、07省道；东至外环河、规划永业路、七沈公路；北至规划甪里街、里华路。实际管理区域还包括大桥镇全域，总面积约100平方公里。
嘉兴科技城管理委员会作为主管嘉兴科技城开发建设和管理的市政府派出机构，与南湖区委、区政府实行“两块牌子、一套班子”。按照嘉委办发〔2016〕9号文件精神，嘉兴科技城管委会和大桥镇人民政府合署办公，下设办公室（党群工作部）、人才服务局、招商局、科技产业和经济发展局、建设局、财政管理局、社会事业发展局、统筹城乡发展办公室8个内设机构。
扩容升级后的嘉兴科技城以“省校（院地）合作示范区、接轨上海先行区、科技改革试验区、成果转化孵化区、信息经济集聚区”为定位，全力打造生产、生活、生态“三生”融合的国家一流科技创新产业新城。2017年，完成固定资产投资90亿元，增长9.1%，实现规上工业产值422亿元，增长23%，实现一般公共财政预算收入17.12亿元，增长21.1%，其中，地方一般公共预算收入5.79亿元，增长12.5%；嘉兴科技城已累计引进院士12人，引育国家千人计划50人，万人计划4人，浙江省千人计划33人，嘉兴市领军人才210人。博士430人、硕士1090人、海外留学归国人员368人，副高以上职称403人。先后迈入国家双创示范基地、国家互联网产业国际创新园、国家环杭州湾检验检测高技术服务业集聚区、国家级专家服务基地行列、第一批浙江省产业创新服务综合体行列。
