1992年，国家为进一步实施沿边开放战略，决定把黑河等地开发建设成为南联北开和东北亚国际性区域合作的窗口。根据国务院《国务院关于进一步对外开放黑河等四个边境城市的通知》（国函〔1992〕第21号），原国务院特区办公室下发《关于设立黑河市边境经济合作区的批复》文件（特办字〔1992〕第50号），批准成立黑河边境经济合作区。
黑河边境经济合作区具有独特的区位优势。我区坐落在中国黑河-俄罗斯布市国际大通道上，黑河与布市隔黑龙江相望，最近处只有700米左右，具有“两国一城”特殊的地理位置，两市同处于东北亚经济圈中心地带，是中国东北振兴与俄罗斯远东开发两大板块的重要交汇点，在中俄边境地区合作中处于重要的战略地位。两市水、路、空交通网络发达，具有得天独厚的发展跨国经济合作的口岸优势，是中国企业进入俄市场理想、适中的通道和枢纽站。
黑河边境经济合作区具有对俄合作先发优势。黑河是我国沿边开放最早的地区，先后开创了中俄合作史上的“五个第一”。第一个在沿边城市恢复中俄边境贸易，第一个开通中俄边境旅游，第一个开展中俄国际经济技术合作，第一个开通中俄国际微波通讯，第一个开展中俄边境国际金融结算业务。黑河与布市经济产业具有很强的互补性，经济发展条件良好。多年来，我区积累了丰富的与俄罗斯交往的经验，合作不断实现突破。在能源、资源投资合作领域，一批大项目相继落地。根植壮大了一批对俄经贸企业，储备了一批通晓俄语和俄方情况的专业人才。我区与俄阿穆尔州和布市政府部门建立了定期会晤机制，人员往来频繁，在产业合作和园区合作等方面交流密切。
黑河边境经济合作区具有良好的跨境发展平台。1992年建区时，国家核准开发区域7.63平方公里。二十多年来，我区完成了“七通一平”城市基础设施建设，使其发展成为具备商业、居住、行政、教育等完善功能的新城区，常驻人口达到6.2万人。2003年开始，依托对俄能源、资源合作优势，我区开发建设多个特色产业园区。已建成五秀山园区和二公河园区；推进了中俄国际科技产业城、黑龙江大桥桥头区、化工（跨境）产业园区以及境外俄罗斯阿穆尔州别列佐夫卡工业园区；与俄方合作，参与黑龙江大桥桥头区俄方区域建设。正在逐步形成境内外园区互动格局。
黑河边境经济合作区具有精简高效的服务体制。我区的国家主管部门为商务部。合作区党委直属黑河市委，管委会为黑河市政府派出机构，行使经济管理职能；内设党政机关部门13个、事业单位5个、驻外办事机构2个，并设有驻区中省直单位8个，各项管理服务职能健全。经国务院和黑龙江省政府批准，我区已成为国家大小兴安岭林区生态保护和经济转型接替产业集聚区、黑龙江和内蒙古东北地区沿边开发开放合作平台、省级新材料特色产业基地、省级财源建设示范区、省级重点对俄进出口加工园区、省级生态工业示范园区建设试点，拥有比较完善的政策支持体系。
