2008年经国务院单独行文批准设立淮安出口加工区，10月正式封关运作。它是淮安市第一个由国务院批准的"国字头"区域，享受国家赋予的系列特殊优惠。2009年国务院正式发文同意全国出口加工区叠加保税物流功能。从此淮安出口加工区将具有保税加工、保税物流、货物贸易、服务贸易等四大功能，由原来单一的加工功能转变为拥有完整产业链的多重功能，成为国家所有对外开放区域中层次最高、政策最优惠、功能最齐全的特殊经济区域。淮安出口加工区叠加保税物流功能的获准，将吸引更多先进制造业和生产型现代服务业入区发展，企业可以开展保税加工出口业务、国外采购保税仓储业务、国内采购出口集运业务、国际分拨及配送、中转及转口贸易、"一日游业务"（出口复进口）以及研发和检测、维修业务。拓展保税物流功能后，淮安出口加工区发展定位是服务区内企业为主，加强联动区外企业，进一步辐射全市乃至苏北、鲁南、皖中、豫东地区众多企业，成为集进出口货物集散分拨中心、周转交易中心为一体的现代保税物流基地。
