1997年8月，苏州工业园区唯亭海关监管点成立，成为全国首批三家直通式陆路口岸之一。2000年4月，园区成立了出口加工区A区。2002年，苏州工业园区试行“SZV快速通关模式”，将上海的国际机场延伸到了苏州，大大缩短了物流时间，使园区拥有了“虚拟空港”。2007年苏州工业园区开始实行SZV返程，以“空陆联程”和“陆空联运”两种模式为企业服务。苏州工业园区还与太仓港、洋山港进行区港联动，形成了“虚拟海港”。“虚拟空港”和“虚拟海港”的创新彻底解决了园区没有实体海空港的问题。
2004年，海关总署先后批准在园区设立出口加工区B区和进行全国首家“海关保税物流中心（B型）”试点，海关保税物流中心（B型）的监管模式解决了加工贸易产业链上下游全国间的产品流转问题，结束了相邻企业产品必须“香港一日游”的局面。同时，也为园区物流业开展VMI（供应商管理库存模式）和DC（进出口分销模式）提供了可能。目前，园区保税物流的业务辐射全国23个省市，服务于区内外2000多家生产企业。
2006年12月17日，国务院正式批准同意在苏州工业园区设立“综合保税区”，开展具有保税港区综合保税功能的海关特殊监管区域试点。
2007年8月28日，苏州工业园综合保税区通过了海关总署等国家九部委的联合验收并封关运作。根据国务院批复，苏州工业园综合保税区“有关税收、外汇政策将按照《国务院关于设立洋山保税港区的批复》的有关规定执行。海关比照保税港区的监管办法对其实施监管”。这意味着综合保税区除享受“国外货物入区保税、国内货物入区退税、区内交易免税”的政策外，还适用各项保税港区的优惠政策，可以充分发挥区位和政策优势，拓展相关功能。目前，综合保税区内可以从事的业务包括：存储进出口货物和其他未办结海关手续的货物；对外贸易，包括国际转口贸易；国际采购、分销和配送；国际中转；检测和售后服务维修；商品展示；研发、加工、制造；港口作业；经海关批准的其他业务。
苏州工业园综合保税区初步形成了以汽车飞机零部件为主的精密机械、笔记本电脑为主的电子信息产业保税加工体系，并已成为国内最重要的精密机械制造基地和电子产品集散中心之一。区内UPS、KWE（日本近铁）、中外运、大田等知名物流企业为全国除西藏、澳门以外所有省、直辖市、自治区的近5000家生产企业提供保税物流服务。
2011年苏州工业园综合保税区累计实现监管货值达1002亿美元，同比增长24%，进出境货值达194亿美元，同比增长13%，进出区货值达808亿美元，同比增长27%；累计监管货运量360万吨，同比增长20%；受理报关单证87.9万份，同比增长32%；入库税额44.9亿元，同比增长35%。累计注册企业217家，其中生产型企业109家，物流企业42家，贸易企业63家，其他类型企业2家。目前，苏州工业园综合保税区连同整个物流园以占园区2.84%的土地，创造了近10%的工业总产值和国、地税入库税额。
苏州工业园综合保税区经过五年多的发展，各类基础设施及基建投入已超过60亿元，建成保税仓库40万平方米，厂房100万平方米，区外周边建成普通仓库80万平方米，商业办公设施50万平方米，已经初步形成设施先进、配套完善、交通便利，集保税加工、保税物流和进出口贸易为一体的大型综合性功能区域，
今后，苏州工业园综合保税区还将继续发挥“先行先试，不特有特”的政策优势，在综保区的建设发展上继续保持前进的势头，为园区和苏州的进一步发展创造新的增长点，甚至在全国形成示范效应。
