吕四港区总规划面积210平方公里，其中陆上面积150平方公里。港区紧靠国家四大渔场之一的吕四渔场，拥有国家六大中心渔港之一的吕四国家中心渔港。区内吕四港为国家二类开发口岸，是我国除宁波、大连、香港外又一个不可多得的天然深水良港，可建设10万吨级的深水泊位数十个。区内交通便捷，吕四港内连通吕运河，外接小苗泓深水航道，海上运输极为方便，吕四至日本神户、韩国釜山距离约420海里。陆上交通也十分便捷，苏211线穿境而过，与苏335线接壤，距宁启高速20公里，距南通机场50公里。吕四至上海浦东国际机场路程约105公里，至上海虹桥国际机场路程约120公里，至上海浦东外高桥港区路程约78公里，至上海市区约90公里。
