南京出口加工区于 2003 年3月10 日由国务院批准设立。2003年9月28日通过国家验收，正式封关运作。南京出口加工区是经国务院批准设立，由海关监管的特殊区域，海关实行“一次申报、一次审单、一次查验”，24小时通关服务的新通关模式。
区内企业不仅享有海关提供的简单、快捷的通关便利，还享有出口加工区和国家级经济技术开发区特有的税收等优惠政策。区内建有“七通一平”的市政基础设施，海关、商检、运输、仓储等机构一应俱全，落户企业不出园区即可办理完一切进出口手续。中央政府赋予了这个特殊经济区域的优惠政策，旨在吸引更多的从事加工贸易的企业在此区域投资。
南京出口加工区分为南区和北区两区。南京出口加工区（南区）位于南京江宁经济技术开发区南部，规划面积为 1.2 平方公里。位于南京机场高速公路东侧，距南京市中心15公里，距南京禄口国际机场20公里，距中国最大内河港——新生圩港25公里，距南京火车站南站10公里，交通运输便利快捷。出口加工区与非出口加区之间建立永久性围墙作为隔离设施。南京出口加工区（北区）占地2.5平方公里，周边规划了3.5平方公里的生产配套区和生活配套区，位于南京市东北郊，紧临中国内河第一大港——南京港新生圩外贸港区和南京长江二桥，距市区5公里。
