烟台保税港区于2009年9月7日经国务院批复设立，是全国第13家、全省第2家保税港区，也是全国第1家以出口加工区和临近港口整合转型升级而成的保税港区。规划控制面积6.21平方公里，分为两个区块：东区位于烟台港芝罘湾港区，面积3.95平方公里；西区位于烟台经济技术开发区，面积2.26平方公里，两块区域已全部完成封关验收。
经过近十年的发展，目前保税港区东区有企业54家，围绕服务港口发展，培育形成了汽车和手机部件加工、仓储物流以及跨境电商、外贸综合服务等产业；西区有企业51家，依托富士康工业园，培育形成了电子加工产业链和保税物流业态。全区主要经济指标在全国14个保税港区排名一直位居前列，2017年完成进出口总值819.3亿元，在全国14个保税港区中位居第三，在全省9个海关特殊监管区中排名第一。积极复制推广自贸区改革创新经验，在全国率先测试成功选择性征税系统，在省内首先完成特殊区域汇总征税、多式联运、委内加工、返区维修等创新监管制度。重点培育新业态新模式，园区现已形成融资租赁、外贸综合服务、跨境电商、国际商品展示等四大特色产业功能平台。
全方位服务港口建设，在保税港区政策带动下，2017年烟台港集团完成货物吞吐量2.88亿吨、集装箱量270.2万标箱，其中铝矾土、化肥、石油焦、木材等业务在全国各港口中居领先地位。
建区以来，烟台保税港区坚持把产业发展作为园区的主责主业，依托特殊政策功能优势，大力发展保税加工、保税物流和保税服务，初步构建了东区以港口作业和保税物流为主、西区以保税加工制造为主的产业发展格局，形成了以手机、游戏机、笔记本电脑等为代表的电子产品制造，以金属配件、仪表、内饰为代表的汽车零部件加工，以商品贸易、仓储物流为代表的保税服务三大主导产业，为园区高发展质量奠定了坚实基础。
目前，东西两区围绕富士康科技（烟台）工业园、格润时代等形成了电子产品制造项目集群，围绕杜奥尔车饰、但马汽车部件、利时德拉索系统、诺华精密等形成了汽车零部件制造产业集群，围绕海港物流、金海洋国际物流、烟台格恩迪日用品、森泽国际物流等形成了保税物流产业集群，围绕烟台国际集装箱码头等形成了港口作业产业集群。
